PT.Varuna Tirta Prakasya (Persero) merupakan gabungan empat perusahaan warisan Belanda yang bergerak di bidang per-Veem-an yaitu N.V.Het Batavia Veem, N.V.Indische Veem, N.V.Java Veem dan Verenigde Prouwenveren, yang selanjutnya diberi nama Fa. Veem Combinatie Tandjoeng Priok. Peristiwa penggabungan tersebut terjadi pada tanggal 7 Mei 1947. Pada periode antara 1954-1977, Fa. Veem Combinatie Tandjoeng Priok telah beberapa kali berubah nama dan bentuk badan hukum yang disesuaikan dengan Peraturan Pemerintah serta Keputusan Presiden, terakhir perusahaan ini bernama P.N. VTP (Varuna Tirta Prakasya).

Berdasarkan Akte Notaris Imas Fatimah SH No. 6 tanggal 7 Januari 1977, P.N. VTP dirubah lagi bentuk badan hukumnya menjadi “Persero” yaitu P.T. Varuna Tirta Prakasya (Persero). Perubahan ini terjadi karena digabungkannya kegiatan sejenis yaitu veem yang berada dibawah perusahaan pelayaran PT.Jakarta Lloyd, PT.Pelni, Tunda Bara dan IPPA. Alasan utama penggabungan adalah untuk efisiensi bagi perusahaan pelayaran di atas, disamping Veem bukan merupakan bisnis intinya, tetapi adalah bisnis inti P.T. VTP (Persero) yang menangani pergudangan, angkutan darat, pengurusan dokumen, bongkar-muat, dan lain-lain.

Sesuai dengan Anggararan Dasar Perusahaan tahn 2010, tujuan Perseroan adalah melakukan usaha dibidang penyelenggaraan usaha jasa logistik baik nasional mapun internasional serta optimalisasi pemanfaatan sumber daya yang dimiliki Perseroan untuk menghasilkan barang dan/atau jasa yang bermutu tinggi dan berdaya saing kuat untuk mendapatkan/mengejar keuntungan guna meningkatkan nilai Perseroan dengan menerapkan prinsip-prinsip Perseroan Terbatas